Le logiciel CytExpert logiciel distingue la compensation et l’acquisition d’échantillon dans des fichiers d’expériences .xitc et.xit, respectivement. Le chercheur peut choisir laquelle exécuter en premier.

1. Si une nouvelle compensation est nécessaire, suivez les étapes suivantes :
   
   1. Préparez tous les témoins non teintés et à couleur unique nécessaires en utilisant des billes ou des cellules de compensation.
   2. .Sélectionnez New Compensation (Nouvelle compensation) dans le menu File (Fichier), nommez le fichier, puis cliquez sur Save (Enregistrer)
   3. Sélectionnez les canaux nécessitant une compensation, puis sélectionnez Sample Type (Type d’échantillon) des tubes de témoins préparés. Décochez tous les tubes qui ne sont pas nécessaires pour l’expérience. Sélectionnez OK.
      Remarque : les informations concernant l’étiquette et le n° de lot peuvent être saisies et retenues dans la bibliothèque de compensation si vous le souhaitez.
      
      CytExpert crée automatiquement une liste des tubes vides correspondants dans le panel de tubes, ainsi que tous les graphiques nécessaires pour contrôler les populations positives et négatives.
      
   4. Chargez les fluorosphères ou les cellules de l’échantillon non teinté ou teinté avec une seule couleur puis sélectionnez dans le panel d’acquisition.
   5. Si nécessaire, ajustez la fenêtre de diffusion de sorte qu’elle entoure la population souhaitée. Ajustez l’échelle du curseur sur le graphique de fluorescence de sorte que les pics négatifs et positifs apparaissent dans une position appropriée. Déplacez les fenêtres positives et négatives pour entourer les pics correspondants.
   6. Une fois les fenêtres positionnées dans des endroits satisfaisants, sélectionnez .
   7. Répétez les étapes d-f pour tous les tubes.
   8. Après le recueil des données de tous les échantillons de compensation nécessaires, créez la matrice de compensation en sélectionnant Compensation Calculation (Calcul de la compensation) dans la barre d’outils ou le menu des paramètres.
      
   9. La fenêtre Compensation Matrix (Matrice de compensation) affiche les valeurs de compensation. Sélectionnez Save As (Sauvegarder sous) pour exporter la matrice sous forme de fichier .comp et spécifiez le chemin d’accès au fichier. Sélectionnez Save to Compensation Library (Sauvegarder dans la Bibliothèque de compensation) pour sauvegarder les valeurs de compensation de couleur unique dans la bibliothèque de compensation. Sélectionnez OK puis Close (Fermer).
   10. Pour sauvegarder ou écraser la matrice de compensation dans la bibliothèque, Ouvrez l’expérience de compensation, exécutez les témoins de compensation. Une fois terminé, calculez la compensation. Puis sauvegardez la bibliothèque de compensation en utilisant le bouton désigné sous le bouton de la matrice de compensation (fenêtre contextuelle). « Save as Comp Matrix » (Sauvegarder sous matrice de compensation), « Save as Comp Library » (Saugegarder sous bibliothèque de compensation). Choisissez un nom.
       Petit conseil : Pour appliquer une compensation rétroactivement (en commençant avec une expérience en premier, puis en appliquant une compensation), ouvrez une expérience, exécutez vos échantillons. Cliquez droit sur l’échantillon, une boîte s’affiche » « Apply Compensation » (Appliquer une compensation). À côté de votre tube, il y a une case/icône à cocher vide (tout à gauche), cliquez droit sur l’icône pour appliquer la matrice de compensation. À partir de là, choisissez votre matrice. Puis, appliquer la compensation à tous les tubes.